Oprócz leczniczego antybiotyki mają działanie niepożądane. Najgroźniejszym jednak jest uczulenie, zwane również alergią, które powoduje reakcję odmienną organizmu od przewidzianej na daną substancję, np.lek (z greki allos = inny, ergos = reakcja). Substancję wywołującą alergie nazywamy alergenem. Alergenem mogą być pyłki, kurz, sier ć ale również i antybiotyki. Reakcja alergiczna może być bardzo różna. Od łagodnego łzawienia czy kataru, po wysypkę na skórze, obrzęki aż po zagrażający życiu wstrząs anafilaktyczny. Wstrząs anafilaktyczny jest to bardzo gwałtownie występująca niewydolno ć krążenia i oddychania, co może powodować  mierć.

Innym niepożądanym działaniem tej grupy leków jest rozwój odporno ci  na dany antybiotyk w ród bakterii chorobotwórczych a co za tym idzie spadek jego efektywno ci działania. Jest to zdolno ć niektórych mikroorganizmów (np.bakterii, grzybów czy pierwotniaków) do przeżycia mimo stosowania leków. Niektóre bakterie wykazują naturalną odporno ć na pewne leki, inne osiągają odporno ć nabytą, ulegając mutacji to znaczy przekształceniu materiału genetycznego tak by nie ulec zniszczeniu przez stosowany anytybiotyk albo wręcz neutralizować go. Odporno ć taka jest niezwykle groźnym zjawiskiem. Coraz czę ciej antybiotyki, dotąd skuteczne w zwalczaniu danej choroby, zawodzą. Pojawia się coraz więcej mikrobów odpornych na jakiekolwiek antybiotyki. Przykładem może być nowy szczep gruźlicy. Choroba ta wydawała się całkowicie uleczalna, jednak od pewnego czasu pojawił się nowy mutant pałeczki gruźlcy niewrażliwy na żaden lek. Wszyscy znamy zmorę montrealskich szpitali
bakterię o nazwie Clostridium Difficile, w skrócie C. Difficile. Wiele osób, zwłaszcza starszych, zmarło po  szpitalnym zakażeniu. Walka z tą bakterią jest niesłychanie trudna gdyż ciągle pojawiają się nowe szczepy. Przykładów takich jest mnóstwo.

Antybiotyki mają służyć choremu ciału jako wsparcie w zwalczaniu infekcji, lecz ich stosowanie może doprowadzić jednocze nie do niepożądanego działania. Niszczą one np. florę bakteryjną. Bardzo często podczas terapii antybiotykowej występują biegunki, podrażnienia przewodu pokarmowego, oraz bardzo przykre grzybice jamy ustnej, czy pochwy. Dokładniej napiszę te dolegliwo ci w następnym wydaniu Biuletynu.